关于取费问题

咨询内容：

我单位是农业养殖单位，在申领农业局奖补资金时，当初与无计价手册的单位签订了包工包料施工合同（采用了表格报价的方式），现在财政局要求进行施工费用的核算，审计单位现在使用了新点进行清单计价，没有计取管理费和利润，措施费只给了临时设施费，税金按3%计取的。请问这样扣减是否合理？施工单位没有管理费和利润就亏了。

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