EPC总承包项目变更项目工程量怎么计算？

咨询内容：

EPC工程总承包，固定总价合同，施工过程中该工程部分区域因甲方要求变更较大（且甲方同意按变更图纸重新计算）。施工单位报送结算：价格清单中有相同项目的，变更项目的“工程量”按变更图纸重新按实计算、“单价”按中标单价计算；审计时：审计单位将价格清单中有相同项目的，“变更项目的工程量”统一扣减9%（理由是：施工单位投标报价时，中标清单标底中工程量比施工图纸工程量均少9%，即施工单位投标报价时工程量下浮了9%、单价未下浮。）请问：以上情况，价格清单中有相同项目的“变更项目的工程量”该如何计算，是按变更图纸按实计算，还是按实计算的量再下浮9%。